С 1930-х годов здание часовни стало использоваться не по назначению. Был полностью утрачен интерьер и некоторые элементы декора фасадов, вместо монограммы Иисуса Христа на куполе появился шпиль.
В начале 1970-х годов храм Воскресения Христова (Спас на Крови) и Часовня-музей вошли в состав Государственного музея-памятника «Исаакиевский собор». Здание было отреставрировано, воссоздана и возвращена на своё историческое место христограмма. В настоящее время в Часовне-музее проходят выставки.
